卢春龙表示，他们也考虑到三学期在实施过程中将会面临的问题。“首先就是规范化运行与不饱和运行的平衡问题。”他说，夏季学期开课数量与选课人数约为春秋季学期的三分之一，需要进行科学合理的管控。
另 外，三学期改革将会改变教职工的工作惯性，尽管全年教学周次总数不变，但是增加了两个暑期工作周，“行政管理人员、后勤服务人员夏季需要上班，要克服天气 炎热、春夏季学期连续作战的困难。”卢春龙说，还存在培养方案修订、教与学的方式、教学组织管理等问题，“总之，还是需要持续通过科学、合理的制度措施为 三学期制的推行提供保障。”
