院长的十五年
有不少人说，1949年，于右任本想留在内地，但被蒋介石派人挟持到了台湾，继续担任“监察院”院长等高职。
国民党政权摇摇欲坠时，于右任在1949年3月26日曾提出辞去监察院院长职务，但在一片“挽留”声中，不得已继续留任。
南京解放前夕，一位国民党的高级军官来到于公馆，强迫于右任上车驰往机场。于右任在上海没住多久，解放军就大兵压境，不得已又同次子仲岑、儿媳周宝珠及两个孙子一道去了广州，最后在蒋介石的催促下，辗转飞往台北。
到台湾之后的15年间，于右任的监察院院长一职形同虚设，几乎无所事事。唯一值得一提的是1957年于右任弹劾“行政院”院长俞鸿钧一事。
1954年6月，俞鸿钧继陈诚之后担任“行政院”院长。于右任曾对俞鸿钧目无“监察院”的行径极其愤慨，于1957年12月10日亲自来院主持会议，提出弹劾俞鸿钧的动议。“监察委员”们也认为俞欺人太甚，群情激昂，通过了对俞鸿钧的弹劾案，并将弹劾内容向新闻界公布，俞处境颇为狼狈。
在台湾，蒋介石造访于右任公馆
这事终于惊动了蒋介石。1958年1月16日，蒋介石在台北中山堂召集中央委员、评议委员和国民党籍的监察委员近200人开会，会上公开袒护俞鸿钧，称弹劾中所列各点，许多事不能责备俞院长个人。蒋介石还在会上当面斥责于右任：“院与院之间发生争执时，可由‘总统’召集有关‘院长’会商解决之。我一直在等你们来报告我，让我召集‘两院院长’会商解决，你们大可向我作此请求。”蒋厉声斥责：“为何不走这条途径?”
俞鸿钧弹劾案对于右任打击甚大。从此以后，他更加置身事外，寄情于书法、诗词。不管怎样复杂纷纭的文牍，到他手里都只批一个字，如“是”“行”“商”“阅”等字眼，绝少用两个字以上，加上签名用的“右任”二字，批文总共不超过三个字。他最后15年的院长生涯就是这样在台湾度过的。
