报道称，法庭特别关注南京大屠杀。据各方评估，南京大屠杀的遇难人数超过30万。当时，日本朝香宫鸠彦批准了南京大屠杀行动，而大规模杀戮，也得到日本裕仁天皇的批准。但没有一位日本皇族成员受到惩罚。按照美国方面的要求，这些人免于刑事侦查。美方当时已计划将日本纳入到自己的势力范围，原谅了在民间受欢迎皇族的所有罪行。
报道指出，东京审判最大的不公之处在于，臭名昭著的研制生物武器的“731部队”的研发人员被免于处罚。在该部队营地，13年时间里，针对军事俘虏和平民进行了残暴试验。据各种评估，“731部队”共杀害了3000到10000人，而其中的1/3是苏联平民。
1949年12月，日本12位参与者在哈巴罗夫斯克法庭接受审判，他们被判处2到25年刑期。但是，历史并未恢复公正。按照美国要求，“731部队” 司令石井四郎和其副手及各小组长并未遭到远东军事法庭的审判。美国政府对研制有效生物武器感兴趣，他们试图获得“731部队”的研究成果。石井四郎和其助手在审判前被秘密带到美国。战后，他们成为“成功且著名的医生”。
